Journée Satellite JOBIM 2010

Modèles graphiques probabilistes  pour l'intégration de données hétérogènes
et la découverte de modèles causaux en biologie

lundi 6 septembre 2010, Montpellier



Description [top]

L'objectif de cette journéee satellite consiste à rassembler des chercheurs en bio-informatique, biologie et mathématiques, s'intéressant, dans le domaine de la fouille de données complexes, à l'utilisation des modèles graphiques probabilistes et réseaux bayésiens pour résoudre des problèmes posés par la recherche en biologie. Les modèles graphiques probabilistes représentent un outil adapté pour obtenir des connaissances à partir de données caractérisées par une part d'incertain. Cernant la notion de causalité, ces modèles se révèlent féconds pour découvrir des liens entre données, ainsi que pour prévoir des plans d'expérience. Ces raisons en font un formalisme actuellement situé au coeur d'une recherche en plein essor.

Lors de la journée, conférences et communications présenteront un ensemble de travaux récents ou en cours de développement, centrés sur l'apprentissage et l'inférence statistique liées à ce type de modèle, ainsi que sur des applications en biologie. 

mots-clés : fouille de données complexes, modèles graphiques probabilistes, réseaux bayésiens, inférence statistique, analyse de données

Programme [top]

Le programme est sujet à modification (modifications qui concerneront uniquement l'ajout d'exposés). L'ordre des présentations est fourni à titre indicatif.

Si vous souhaitez être prévenu d'une modification du programme,  envoyez un mail à  modgraph, en copiant-collant le sujet suivant "programmeMODGRAPH2010".

Le lieu de la réunion sera indiqué ultérieurement.


9H30 - 10H15
Inferring Multiple Graphical Structures

Julien Chiquet, Yves Grandvalet, Christophe Ambroise
Laboratoire Statistique et Génome
UMR CNRS 8071, Evry


10H15-11H00
Extended Bayesian scores for reconstructing gene regulatory networks
Jimmy Vandel, Brigitte Mangin, Matthieu Vignes, Simon de Givry
Unité de Biométrie et d'Intelligence Artificielle
INRA, Toulouse

11H00-11H30  pause café

11H30-12H15
Hierarchical Bayesian networks applied to association genetics
Raphaël Mourad, Christine Sinoquet, Philippe Leray
Equipe COD,
Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes,Faculté des Sciences de l'Université de Nantes, LINA - UMR CNRS 6241

12H15-13H00
Supervised network inference of a regulatory network with a Markov Logic Network
Céline Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, Florence d'Alché
IBISC FRE CNRS 3190 - Université d'Evry-Val d'Essonne,
LIFO, Université d'Orléans


13H30 - 14H30 déjeuner (offert)
14H30-15H30 
An integrated Bayesian approach to identify patterns of causal genetic markers
Christine Sinoquet,

Equipe COD,

Faculté des Sciences de l'Université de Nantes, LINA - UMR CNRS 6241
15H30-16H15
Sparse autoregressive models for module extraction in biological networks

Nicolas Brunel, Florence d'Alché
IBISC FRE CNRS 3190 - Université d'Evry-Val d'Essonne

16H15-16H45 pause café

16H45-17H15
Clustering of incomplete, high dimensional and dependent biological data with SpaCEM
Matthieu Vignes, Juliette Blanchet, Damien Leroux, Florence Forbes
Unité de Biométrie et d'Intelligence Artificielle, INRA Toulouse,
SLF, Davos, Switzerland
Mistis Project, INRIA Rhône-Alpes, Grenoble
SpaCEM3-help@lists.gforge.inria.fr




Appel à communications [top]

Instructions aux auteurs pour la soumission : 

soumission d'un résumé : La contribution consistera en une synthèse de une à deux pages, débutant par un court résumé, la mention de mots-clés, puis présentant le problématique abordée et son contexte, la solution proposée, et enfin les résultats, si l'avancement des travaux le permet. La contribution incluera finalement une brève bibliographie. Tableaux et figures sont les bienvenus. Les travaux peuvent déjà avoir été publiés. Un résumé accepté fera l'objet d'une présentation lors d'un exposé court (20 mn). 

Pour soumettre un résumé, envoyez un mail à  modgraph, en copiant-collant le sujet suivant "soumissionMODGRAPH2010 - résume".

soumission d'un article long : La contribution consistera en un article de six à huit pages, débutant par un court résumé, la mention de mots-clés, puis présentant le problématique abordée et son contexte, la solution proposée, et enfin les résultats. La contribution incluera finalement une brève bibliographie. Tableaux et figures sont les bienvenus. Un article long accepté  fera l'objet d'une présentation lors d'un exposé long (30 mn).

Pour soumettre un article long, envoyez un mail à  modgraph, en copiant-collant le sujet suivant "soumissionMODGRAPH2010 - article long". 


formats pour résumé et articles longs: Le texte de la contribution devra de préférence être rédigé en anglais. A défaut, une rédaction en français est la bienvenue. Les auteurs devront utiliser les modèles de rédaction suivants :  modèle rtf, modèle LaTeX(tex,cls).

Dates importantes :

vendredi 14 mai 2010 : début des soumissions des résumés ou articles longs JS MODGRAPH

mardi 22 juin 2010 : date limite de soumission JS MODGRAPH (pas d'extention prévue)

jeudi 01 juillet 2010 : notification d'acceptation des résumés et articles longs

vendredi 09 juillet 2010 : date limite d'envoi de la version définitive des résumés et articles longs acceptés

vendredi 09 juillet 2010 : date limite de notification aux organisateurs de l'auteur qui présentera l'exposé




Inscription [top]

L'inscription à cette journée satellite est gratuite mais obligatoire. Cette inscription est gérée indépendemment de celle à JOBIM. Pour vous inscrire, envoyez un mail à  modgraph, en copiant-collant  le sujet "inscriptionMODGRAPH2010

L'auteur ou le co-auteur d'une communication acceptée désigné comme conférencier doit confirmer son inscription à la journée, en envoyant un mail à modgraph, et en copiant-collant le sujet "confirmationMODGRAPH2010" .

Dates importantes :

vendredi 14 mai 2010 : début des inscriptions JS MODGRAPH

vendredi 09 juillet 2010, minuit : date limite de confirmation d'inscription des orateurs JS MODGRAPH


Récapitulatif dates importantes [top]

Journée satellite MODGRAPH 2010 - Modèles graphiques probabilistes et réseaux bayésiens, SupAgro, Montpellier
vendredi 14 mai 2010 : début des soumissions JS MODGRAPH
vendredi 14 mai 2010 : début des inscriptions JS MODGRAPH
mardi 22 juin 2010, minuit : date limite de soumission JS MODGRAPH (résumés et articles longs)  (pas d'extention prévue)

jeudi 01 juillet 2010 : notification aux auteurs (résumés et articles longs)

vendredi 09 juillet 2010, minuit : date limite d'envoi de la version définitive des résumés et articles longs acceptés

lundi 06 septembre 2010 : journée satellite MODGRAPH 2010


Lieu de la réunion [top]

La réunion aura lieu à SupAgro, Montpellier. Un plan d'accès est disponible [ici]. Des indications plus précises seront fournies ultérieurement.

Logistique [top]

ATTENTION : Montpellier est une destination touristique et de nombreuses manifestations se dérouleront à Montpellier pendant la semaine où se tiendront JOBIM 2010 et ses journées satellites. Il est donc vivement recommandé de ne pas se préoccuper  de réserver une chambre d'hôtel à la dernière minute.

liste d'hôtels à Montpellier


Contact et organisation [top]

contact : modgraph

Florence d'Alché-Buc,
IBISC, Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes
, FRE CNRS 2873, Genopole Evry - Université d'Evry-Val d'Essonne

Simon de Givry, 
Unité de Biométrie et d'Intelligence Artificielle, INRA Toulouse
Louis Wehenkel,
Dep. of Electrical Engineering and Computer Science & GIGA-Research - Université de Liège – Belgique
Philippe Leray,
LINA UMR CNRS 6241, Equipe COD - Université de Nantes, Polytech’Nantes
Gérard Ramstein,  
LINA UMR CNRS 6241, Equipe COD - Université de Nantes, Polytech’Nantes
Christine Sinoquet, 
LINA UMR CNRS 6241, Equipe COD - Université de Nantes, Faculté des Sciences et Techniques de Nantes


Lien vers la précédente journée MODGRAPH [top]

MODGRAPH 2009 Nantes

dernière modification mercredi 12 mai 2010, adaptation d'après modèle Journée Satellite http://www.bioinformatics.ic.ac.uk/slebre/